Nuova forma di variante Omicron

Una nuova versione della variante Omicron (B.1.1.529) è stata recentemente messa sotto i riflettori dal gruppo Pango-designation, dopo che in pochissimi giorni decine di nuove rilevazioni sono state depositate nel database Gisaid, utilizzato dal gruppo per aggiornare costantemente la mappa delle mutazioni individuate nel mondo. I casi emersi sono stati localizzati in Sud Africa, Australia e Canada.

La nuova forma di Omicron condivide molte mutazioni con la variante originale, ma l’alto numero di nuove mutazioni rilevate ha indotto Pango-designation ad avanzare la proposta (istanza numero 359) di separare il “ceppo” originale Omicron in 2 varianti diverse: BA.1 e BA.2. Tale proposta verrà valutata nelle prossime ore dalla Organizzazione mondiale della sanità: date le evidenze analitiche, però, il parere sarà sicuramente positivo.

Invisibilità della variante Omicron BA.2

L’invisibilità di questa nuova forma della variante (BA.2) è data dall’assenza di una delezione a carico del gene S (la HV69del) che rendeva la forma Omicron originale (BA.1) diagnosticabile anche da parte dei kit molecolari non specifici (grazie al meccanismo dell’ S gene dropout citato anche nel recente documento dell’ECDC ). Proprio per questo, la nuova forma circolante è stata presto ribattezzata “invisibile”.

Il KIT PCR COVID Varianti OaCP permette di individuare entrambe le forme circolanti di variante Omicron (BA.1 e BA.2) grazie all’identificazione positiva di una delle mutazioni specifiche nel gene S, la N501Y, condivisa dalle due forme.

Come già notificato dall’FDA, alcuni kit PCR in commercio soffriranno la presenza di queste nuove mutazioni tanto da inficiare il riconoscimento del virus SARS-CoV-2, aumentando il rischio di falsi negativi.
La presenza nel nostro kit di un canale prettamente dedicato alla mutazione N501Y, invece, permetterà sempre una individuazione positiva del virus a prescindere dalla variante sotto esame.

Dal tracciamento delle varianti alla riduzione del rischio di falsi negativi

Se all’inizio della pandemia la rilevazione delle varianti era strettamente correlata alle necessità di sequenziamento, oggi la certezza che un kit possa individuare una variante è sempre più legata al rischio di falsi negativi.
Il nostro kit, dunque, è consigliato anche a quei laboratori che non hanno interesse nel discriminare le varianti circolanti ma che vogliono assicurare la positiva individuazione del virus SARS-CoV-2 nell’ambito del monitoraggio territoriale.

Written by Simone Di Giacomo, PhD, OaCP R&D Manager